Po této katastrofě byl klášter na pokraji úpadku. Jen opat, provisor a farář mohli bydliti v Nové Říši. Ostatní kapituláři odešli k svým příbuzným, na okolní fary a čtyři byli pohostině přijati v klášteře Jiroušském.
Co se dalo prodati, muselo býti prodáno a kromě toho vydluženo, by klášter mohl býti znova postaven. Opat se již od požáru nepozdravil. Churavěl až do roku 1819. Shromáždil 18. ledna své bratry, tklive se s nimi rozloučil a modlil se s nimi modlitby umírajících.
Jeho nástupcům Baptistovi Sobotkovi, jenž jenom 14 měsíců byl opatem a Ferdinandovi Sekovi (1821―1852) připadl těžký úkol vystavěti kostel a klášter a pomáhati klášteru z finanční tísně.
Kromě stavby přišel ještě jiný závazek. Roku 1810. musily kláštery Rajhrad, Staré Brno a Nová Říše převzíti vydržování filosofického ústavu v Brně. Od roku 1819. učil vždy příslušník kláštera novoříšského fysice a mathematice. Ovšem vydržovati a platiti jej musel klášter.
Professor Dr. František Friedrich byl po smrti opata Seky zvolen opatem. Byl vroucím ctitelem Rodičky Boží. Rád sloužíval mši svatou v kapličce na Kopečku, putoval do Maria Celle a šířil a podporoval pobožnosti. Opravil kostel sv. Kříže a kupoval obřadní roucha. Zemřel roku 1860.
Za opata Arnošta Šírka byl kostel zevně i uvnitř zcela opraven. Malíř Schiller ze Znojma vyčistil fresky, pozlačovač Ant. Jungnickl pozlatil oltář, opravil kazatelnu a lavice v choru, rozšířil knihovnu a postavil oltář sv. Cyrilla a Methoděje za přispění novoříšských občanů křížovou cestu a kříž »na Spravedlnosti«
Po smrti opata Arnošta r. 1868 byl zvolen zasloužilý a učený kapitular Dr. Václav Krátký. Již jako řiditel gymnasia v Sibini v Sedmihradsku vynikal znalosti mnoha cizích jazyků. Vydal
