Konečně vypuklo povstání stavů českých dne 23. května 1618 a k tomuto povstání přidali se stavové moravští.
Všechna okolní šlechta připojila se k povstání, tak Krištof z Pržicžan na Červeném Hrádku, Rudolf ze Schleinitz na Meziříčsku vedli odbojné vojsko, pak Zdenko Waldštýn na Brtnici, Sádku a Budějovicích, Štěpán Kusý z Mukoděl v Krasonicích, Václav Koniáš z Kynic, Adolf Jankovský z Vlašimi v Budči a Slatině, Jindřich Zahradecký z Jemnice, Vilém Dubský z Dačic, Wolf Koniáš z Kostelního Vydří atd. Manželka Krištofa z Pržicžan, Krescencie, dcera Václava Zahradeckého z Červeného Hrádku, zuřivá stoupenka českých bratří, stále přemlouvala svého muže, by udeřil na Novou Říši. Konečně dal si Krištof říci a obsadil statky klášterní. Probošt Adam i s farářem Krasonickým utekli 16. října 1620 do Telče. Brzy potom byli starostové čeští na Bílé Hoře poraženi a císařský generál uvedl na sv. Tři Krále 1621. probošta opět do Nové Říše.
Probošt našel své sídlo v hrozném stavu.
Po odchodu probošta vrhla se nekatolická luza novoříšská, vedená mlynářem Danielem Píšou, na kostel. Obrazy svatých a sochy byly rozbity a vyházeny. Svatostánek rozbit. Soše sv. Petra byly oči vypíchány, jeden klíč uražen a tak postavena byla socha k mýtu, aby prý — jak se luza posměšně vyjádřila — sv. Petr vybíral mýto.
Kostel byl proměněn v modlitebnu a pastor z Jemnice povolán za faráře.
Ačkoliv probošt byl opět dosazen, škoda vzniklá mu nahražena nebyla. Mlynář Píša, vůdce byl odsouzen od císařských komisařů Bedřicha z Vlašimi a Hynka z Veitmile k pokutě 400 zlatých, 8 hromad desek a celé zásoby cihel, které měl. — Starosta novoříšský Marek Kovář musel zaplatit 30 zlatých pokuty a kromě toho potrestán týdenním vězením. Rychtář Bartoloměj Klempa, jenž rozbil tabernákl, 100 zl. pokuty a týden vězení, Václav Švec, písař na důchodě,
