V zemi panovalo bezvládí. Husitská šlechta zabrala již dříve klášterní statky a zpečovala se je vydati. Klášter zachránil ze svých bývalých držav jen malou část a z té musel mnoho odprodati, by zpustošený klášter mohl býti dostaven. Mnohé obce patřící klášteru byly vydrancovány, obyvatelstvo se rozutíkalo, tak že nemohly býti více vystaveny.
V této smutné době starala se energická převorka Kateřina a probošt Prokop (1462―1492) o rozkvět kláštera. I papež hleděl klášteru prospěti. Osvobodil jej od dávky, známé tehdy pode jménem subsidii charitativi, prohlásil, že nepodléhá právomoci biskupů olomouckých, nýbrž přímo svaté stolici. Leč vše to nepomohlo klášteru. Probošt Bartoloměj (1492―1503) byl nucen pro dluhy dáti do zástavy část svých důchodů.
Husitská okolní šlechta utiskovala klášter, kde jenom mohla.
Marné bylo dovolávání se ochrany královské. Český král Vladislav neměl potřebné moci, aby zakročil. Jediné, co učinil, bylo, že dal klášter v Nové Říši r. 1497 pod ochranu mocných pánů z Hradce, kteří měli v držení Telč. Leč tím jenom Novou Říši poškodil. Jindřich z Hradce, nejvyšší komoří český, ještě jakž takž se choval. Alespoň nehleděl z úřadu od krále naň vznešeného kořistiti pro sebe.
Leč jeho syn Adam z Hradce sám utiskoval klášter, misto aby jei chránil. Nedbaje na výsady kláštera, vnutil klášternicím na sv. Magdalenu r. 1503 za probošta cizozemce Krištofa Peugara z Reitzenschlagu. ― Tento Němec utiskoval klášter právě tak jako okolní husitská šlechta, vyssával jej kde jen mohl ― a když viděl, že míra jeho nespravedlnosti je dovršena a že ubohým řeholnicím bude dáno na jejich prosby a stížnosti právo, utekl roku 1515 ― a sebral sebou všechny klášterní skvosty i kříž stříbrný a zlacený, dar to zakladatelů Markvarta a Vojslavy. Po jeho útěku zvolily sobě jeptišky za probošta premonstráta zábrdovického Jakuba ze Sternberka, jenž zůstal v
