Víme-li však, že jest to klášter podvojný, ženský a mužský, tudíž vlastně dva kláštery přesně oddělené, přece pak soustavně v jedno spojené, a že obytné budovy kláštera mužského kromě kostela dosud zachovaného zcela zmizely, pochopujeme ihned celou soustavu rozvrhu. Jsouť to dva kláštery s dvěma kostely v jedno sdružené, — architektonické unicum v zemích koruny české.
Panenský klášter sv. Františka v podstatě své stojí celistvě, jak bl. Anežkou byl zbudován. Má svůj kostel, s nímž organicky v souvislosti jsou veškeré prostory, bez kterých žádný klášter mysliti si nelze. A jelikož to byl hlavni klášter, jest kostel jeho větší a prostory klášterní jsou rozsáhlejší. Ze druhého kláštera sv. Barbory, zbudovaného pro mužský konvent menších bratří, zachoval se pouze kostel, klášterní budovy však naprosto zmizely. Měl význam podřízenější a za tou příčinou byl kostel jeho menší, a budovy konventní s ním související byly drobnějších rozměrů. Veškerý rozvrh plánů však ukazuje, že oba kláštery založeny jsou současně, byť i prvnější dříve, druhý pak o něco později byl dokončen. Tomu nasvědčuje zejména poloha obou kostelů k východu čelících a se svými konventy řádně souvisejících.
Klášter panenský sv. Františka dochoval si přes nepřízeň věků dosud vše, co klášter klášterem činí. Kostel sv. Františka skládá se z choru a lodi. Chor (4) o dvou klenbových čtvercích má závěrek polygonální, sestrojený na základě pravidelného osmistěnu, jehož pěti stranami jest zakončen. Vítězný oblouk slohové článkovaný spojuje choř s lodí (5), která čítala tři klenbové obdélníky, jak dosud zřetelně se spatřuje na severní stěně boční, na které do dnešního dne zachovaly se přípory s hlavicemi, jakož i rysy lomených oblouků nástěnných. Jižní stěna boční však zmizela bezpochyby po požáru, jímž klášter r. 1689 zachvácen byl, když sřítivším se krovem proražena jest klenba, kterou jeptiškám pro nedostatek opětně sestrojiti nebylo lze, za kteroužto příčinou později poškozená stěna jižní odstraněna jest. Věž kostelní však na západním průčelí lodi zbudovaná dosud stojí (6). Kruchta jeptišek sklenuta byla v lodi a to přímo za obloukem vítězným, jak ze stop na zdech pozůstalých jest patrno. Ku kostelu sv. Františka přiléhá zcela pravidelně klášter opírající se po celé délce o severní stěny choru i lodi a pokračující v téže čáře směrem západním. K boční stěně choru přiléhá celou délkou síň konventní (3), na třech klenbových rovnoúhelnících sklenutá a s domácí kaplí sv. Maří Magdaleny (1) spojená. K boku lodi a věže přistavěn jest ambit (9) do čtverce založený, nad jehož sklenutým ochozem zbudovány byly celly jeptišek. K jihozápadnímu rohu ambitu druží se klášterní kuchyně (8) na čtverci zbudovaná, vysokou klenbou na mohutných žebrech krytá, z jejíhož středu zdvíhá se komín. Jelikož v klášteřích z důvodů přirozených s kuchyní sousedíval
