již značnou samostatnost a dobré ovládání německého jazyka a přesnost slohu, což u rozeného Slovana patří k výjimečnostem. Také dějiny Moravy jsou vetkány do těchto dějin Rajhradu a vystupují zcela do pozadí. Není dost rozeznat, zde Dudík přitom používal dostupných pramenů přesně, i když se tu a tam v díle jeví jako spisovatel ukvapený.
Povzbuzen dvěma většími cestami do Švédská a Itálie resignoval Dudík na svá universitní místo ve Vídni, aby se nyní jedině a trvale sám věnoval dějepisným bádáním a svá spisovatelské činnosti. Sotva se vrátil z Říma přišla mu vysoce čestná nabídka od arciknížete Maxmiliana z Vídně, aby zřídil centrální archiv německého rytířského řádu. Byla to totiž svízelná práce, trvající plných šest let, 1853—1859. Dudík musel také i jiné k dotyčnému archivu náležející a u jiných osobností deponované písemnosti jako pověřenec řádu získávat zpět, což bylo spojeno s delšími cestami do Saska, Würtemberscka atd., vyneslo mu však i četná vyznamenání. Nejskvělejším výsledkem jeho úkolu byl centrální archiv německého řádu ve Vídni, doposud vzorně uspořádaný. Právě při této práci našel jeho prozíravý duch opět látku k novým dílům. Mezi nimi zejména; „Valdštýnova korespondence“ a „Švédové na Moravě“. První vytvořen z pramenů válečných archivů, zasluhujících si vyzdvižení, které mezi spisy cís. akademie ve Vídni, jejímž byl Dudík členem od roku 1865, byly zveřejněny. Tenkráte se Dudík také zabýval plánem pro jednotné zřízení státního archivu pod vedením generálního inspektorátu pro archivy pro rakouskou monarchii s využitím jeho zkušeností získaných při zřizování archivu rytířského řádu. Plán předložil vládě, byl by nepochybně nejen schválen ale již i proveden, nebýt právě válečných událostí a tehdejší konstelace politické v císařství, které tomu zabránily.
Ve jmenovaném období šesti let, kterých využil Dudík k uspořádání archivu řádu německých rytířů, našel si též příležitost k tomu, aby se seznámil s bohatstvím sbírek mincí a zveřejnil výsledek svých numismatických studií na náklady řádu jako slavnostní dílo: „Sbírka mincí vysokého německého rytířského řádu ve Vídni“ na listech s 21 mědirytinami. Tak různorodými studiemi se dostal Dudík do spisovatelského proudu a řada nejcennějších publikací následovala nyní rychle za sebou. Pozornost učeného světa na sebe soustředil už svými publikovanými díly delší dobu. Nyní rozvinula se, částečně již od roku 1854, korespondence mezi Dudíkem a různými historiky, mezi jinými i evropské pověsti, která svědčí o mimořádné pracovitosti, ale též o všestrannosti, kterou nelze dost obdivovat.
V roce 1859 vstoupila do Dudíkovy životní dráhy opět rozhodující změna. Moravští stavové, po pečlivém prozkoumání zpráv ze Švédska a Itálie, nabyli přesvědčení, že Dudíkova tvůrčí schopnost musí zůstat uchována všemi prostředky pro otčinu Moravu a jmenovali ho tedy zemským historiografem Moravy, jako následníka Boczka. Tento úřad, jeho veřejné postavení, zastával Dudík plných 30 let až do své smrti. Jeho hlavním úkolem jako moravského zemského historika bylo napsat „Dějiny Moravy“, pro které jeho předchůdce zanechal jen přípravné práce ve shromážděných datech, aniž by byl přešel k vlastnímu psaní. S plnou životní silou a vyzbrojen nutnými vědomostmi pustil se Dudík do tohoto úkolu a vydal v průběhu let také 12 svazků moravských dějin, aniž by byl dospěl dále v nich nežli do roku 1350. Je politováníhodné, že Dudík tyto dějiny Moravy od začátku založil příliš obšírně a ačkoliv měl před sebou všeobecně výborný příklad Palackého nevyvaroval se chyby tohoto historika. Dudík se snažil při zachycení moravských dějin, aby mu neušla sebemenší podrobnost; prozkoumal a přečetl pečlivě každou příslušnou zprávu; prozkoumal a prověřil kteroukoliv souvislost do níž se Morava v průběhu dějin s hraničícími zeměmi dostala. Tak se dostával i na zcestí, neboť se zabýval dějinami těchto zemí. Tak mu narůstal materiál pod rukama proti jeho vůli a nebyl schopen jej zvládnout. Tím získávalo jeho dílo dějiny Moravy sice na rozsahu, postrádalo však přehlednost, na kterou on bohužel nemohl dbát, protože psal učené dílo a neměl v úmyslu
